Los pasos a realizar serían:

1. Desde “Personalizar / Internacional / Ubicaciones geográficas”, pestaña “Provincias” modificamos las provincias Las Palmas, Santa Cruz de Tenerife, Ceute y Melilla indicando una zona distinta a Europa.
2. Desde el menú anterior, pestaña “Paises” modificamos España de forma que desde la pestaña “State” agregamos “name” entre “postcodecity” y “Countryname” tal como se indica en la siguiente imagen

• Desde el m enú “Personalizar / Internacional / Traducciones” en el campo “Tipo de traduccón” seleccionamos “Traducción de temas”, en el campo “Seleccionar su tema” seleccionamos “Classic” o el tema que estemos utilizando y desde el campo “Seleccionar tu idioma” seleccionamos “Español” y sucesivamente cada uno de los idiomas activos. Hacemos clic sobre “Modificar”. En “Busqueda de traducciones” indicamos Desafortunadamente. En “Unfortunately, there are no carriers available for your delivery address.”indicamos un texto alternativo, por ejemplo “No servimos pedidos a Canarias, Ceuta ni a Melilla”.
• Repetimos parte de lo indicado en el párrafo anterior hasta donde dice “Hacemos clic sobre “Modificar”. Ahora en “Busqueda de traducciones” indicamos “State” y en la columna izquierda hacemos clic sobre “Expandir” y después otra vez clic en “Labels” dentro de “Shop / Forms”. Ahora en “State” sustituimos “Estado” por otra expresión, como podría ser “Provincia”.
• Ya solo nos queda configurar el transportista (menú Personalizar / Transporte / Transportista) indicando los portes a aplicar para las zonas que sirvamos excepto la zona en la que hubieramos incluido a las provincias canarias, Ceuta y Melilla.

El proceso es similar a lo indicado en el punto anterior con los siguientes cambios:

• Desde Personalizar/Internacional/Ubicaciones geográficas” pestaña “Zonas” damos de alta las zonas “Canarias” y “Ceuta/Melilla”
• Desde el mismo menú, pestaña “Provincias” modificamos las provincias Las Palmas, Santa Cruz de Tenerife, Ceuta y Melilla indicándoles la zona creada en el punto anterior que le corresponda.

En cuanto a la configuración de los impuestos equivalentes al IVA a aplicar en estos territorios (Impuesto General Indirecto Canario y el Impuesto sobre la Producción, los Servicios y la Importación - este último para Ceuta y Melilla) lo explica con detalle este post https://www.tiendaonlinemurcia.es/configuracion-reglas-impuestos-prestashop/